集体建设用地使用权流转的审批程序，各地规定不一，但一般分两种程序，一是初次流转的程序，二是再流转的程序。
集体建设用地使用权初次流转的程序：
（1）土地所有者持经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表同意集体建设用地使用权流转的决议和集体土地所有证，向土地所在地国土资源局（分局）提出流转申请，经区（市）县人民政府审批后，由区（市）县国土资源局（分局）核发同意流转批准书。
（2）土地所有者取得同意流转批准书后，双方签订集体建设用地使用权流转合同；
（3）土地使用者持同意流转的决议、同意流转批准书、集体建设用地使用权流转合同等资料，到土地所在地区（市）县国土资源局（分局）申请办理土地使用权登记，由登记机关颁发集体建设用地使用证。
2、集体建设用地使用权再流转的程序：
(1)集体建设用地使用权再流转的，流转双方持集体建设用地使用证、前次流转合同和再次流转合同等资料向原登记机关申请办理变更登记、抵押登记等手续。
(2)集体建设用地使用权再流转，地上建筑物及其附着物随之流转；地上建筑物及其附着物流转，集体建设用地使用权随之流转。
(3)集体建设用地使用权再流转，其初次流转合同约定的权利和义务随之转移。
